Für die Besucher der Stiftspfarrkirche ist nur der barocke, von Johann Georg Fux (Donauwörth) im Jahr 1724 geschaffene Orgelprospekt auf der Orgelempore sichtbar. Und hörbar ist die im Jahr 2000 neu eingebaute Jannorgel, der Organisten am Spieltisch die höchsten und tiefsten Töne entlocken können. Kaum aber jemand weiß, dass sich hinter dem Hochaltar und von einem Vorhang verdeckt zusätzliche Orgelpfeifen befinden – 1968 an der Zahl und verteilt auf 29 Register. Es handelt sich dabei um die ehemaligen Orgelpfeifen in verschiedensten Größen aus Holz und Metall der Hauptorgel aus dem Jahr 1903 von der Orgelbaufirma Martin Hechenberger. Ganze zwei Etagen nimmt diese„Chororgel“ ein.
Seit 2019 ist jedoch der Spieltisch neben dem Hochaltar wegen technischer Mängel verweist: aus Sicherheitsgründen …